Не обновляется логотип

1) Такое может происходить из-за кеша вашего браузера. Самый просто способ - обновить страницу с помощью клавиш CTRL+F5. После данного обновления загруженный логотип должен появиться в магазине.

2) Также у вас может быть подключен CDN, отключите его, настройте тему - загрузите логотип и произведите остальные настройки и потом уже активируйте CDN.